《塞尔达：时之笛 重制版》将从画面、地图衔接、移动操作和硬件交互等多个方面进行调整，并非仅提升分辨率。游戏将以60帧运行，电视模式还支持可变刷新率。

重制版将重新制作角色模型与纹理，并加入全局光照和动态阴影，同时保留原作的视觉风格。水体、随风变化的植被、非玩家角色面部表情以及昼夜循环也会获得升级。

地图路线仍沿用原有设计，但区域尺度会配合林克更灵活的移动能力重新平衡。游戏还将减少加载区，让不同地区之间的过渡更加连续。操作方面，原作走到边缘自动起跳的设计将改为专用跳跃键，林克也可以冲刺，并通过径向快捷轮盘装备武器、道具和工具。

Switch 2的硬件功能也会用于实际操作。玩家可以通过陀螺仪微调弹弓、弓等第一人称工具的瞄准；使用主机内置麦克风时，还能直接哼唱旋律音符演奏陶笛，不必完全依靠按键输入。