，便效仿李天溶请求告老还乡，回辽东终养老母，圣祖也不挽留，马上提升直隶巡抚甘文焜为云贵总督，然后，又提升陕西陇右道李兴元为云南按察使。
　　以上凡属云贵军政大员调进调出，提升罢免，都出自吏兵两部铨选，由圣祖钦命，吴三桂无从插手。同时，还剥夺了吴三桂的司法特权，规定：凡平西藩下逃人，俱归有司审理，章京不得干预。吴三桂已窥见朝廷正在逐步削弱他的权力，他当然不希望大权旁落，便寻找时机，希图夺回某些权力。
　　吴三桂生平最看重兵权，他当年征伐云贵时，清世祖授予他大将军印，执掌征伐大权，按规定，事平后，就应该上缴大将军印，但是吴三桂迟迟不交。朝廷授意一位内大臣对留在京师的额驸、吴三桂的儿子吴应熊说：“以前，永历在缅甸，边疆事多，所以才给你父亲将军印，为的是重事权，便于集中号令。如今天下大定，还据有不还，这是为什么？”
　　吴应熊明白了朝廷意图，这是要他父亲主动把大将军印交上来，免得由皇帝亲自下诏索要大将军印，有失吴三桂的颜面。吴应熊赶紧向他父亲通报了情况。吴三桂不得已，这才上疏，把大将军印交回朝廷，心里却不舒服。
　　吴三桂上交了大将军印，并不意味着他失去兵权，云贵两省的兵权仍然牢牢控制在他手中。他要巩固自己的政治地位，唯一办法，就是不断加强自己的军事实力。自从他降清二十多年以来，跟随他出生入死的一大批将领，多已战死、病死，现在所剩无几。吴三桂不能坐视自己的力量被削弱，于是，他大量启用诸将子弟和外招来的有用之才加以训练。吴三桂以《黄石素书》《武侯阵法》等兵书为军事教材，让他们学习掌握军事知识，培养和提高他们的军事素质，以备将来将帅之选。
　　当时，云贵一带的“苗蛮”等族，以相互仇杀为寻常，治理之道，不能不与内地有别。当地有见识的官员都认为，只有聚众劫杀，侵犯地方的，才可以兴兵镇压。其余因内部争财或私人有仇而互相攻杀的，不必兴兵，只按旧列处罚一方，即可消除冲突。他们认为，这才是安定边疆的正确方法和长久之道。但是，吴三桂却不取此治边之道，动辄出兵，兴师动众，耗费粮饷，在所不顾。他想利用战场实战提高藩属子弟的军事经验，还可借此巩固自己在云南的独尊地位。同时，又给朝廷造成一个映像：云贵粗野之地难以治理，非常需要他这个强人来镇守！
　　吴三桂自受命镇守云贵，就有一个长远打算：他要世世代代以云贵为家，把这片土地作为他及其子孙的世守藩地。他一心要仿效明朝的黔国公沐氏，做清朝的“黔国公”，与清朝相始终。
　　要加强军事力量，离不开战马。从四川进来的马匹弱小，难以临阵。吴三桂瞒着朝廷，密令其养子王屏藩，从青海西藩地区选取适于征战的勇健之马，每年进马三千匹，从西藏地区绕道至云南。